Non in DOS.
In Windows da Vista in poi si può fare con Windows Powershell, ma non con un .bat, devi scrivere uno script Powershell;
in rete trovi diversi script (complicati) già pronti che ti possono aiutare.
Se non vuoi usare un .bat invece la procedura standard per cifrare file o cartelle in Windows Vista/7 è usare le funzioni del file system cifrato: click col tasto destro del mouse sul file/cartella, selezioni Proprietà e poi il pulsante Avanzate, infine seleziona la casella Crittografa contenuto per la protezione dei dati